Le 21 mars 2012, alors que le pays fait face depuis le début de l'année à une importante rébellion Touareg au nord du pays, une insurrection éclate dans le camp militaire de Kati, où les mutins s'emparent d'armes puis se rendent à Bamako, la capitale, et attaquent le palais présidentiel.
Le pays est alors dirigé par Amadou Toumani Trouré, président démocratiquement élu en 2002 puis réélu en 2007. Son deuxième mandat qui se termine alors (il ne lui reste plus que deux mois à la Présidence et il a annoncé ne pas briguer de troisième mandat) est pourtant jugé positivement par les partis politiques et la population qui louent son sens du consensus et son respect du processus démocratique. Le commentaire journalistique le qualifie même d'un des dirigeants les « plus démocrates d'Afrique ».
Le 21 mars au soir, les militaires diffusent une allocution télévisée pour expliquer leurs « motivations ». Le lieutenant Amadou Konaré déclare ainsi « vouloir mettre fin au régime incompétent et désavoué de M. Amadou Toumani Trouré ». Mais c'est bien la fébrilité de l'armée malienne face à la double menace Touareg, mais aussi celle de Aqmi (Al-Qaïda au Maghreb islamique), qui retient alors 6 Français en otage dans le nord du pays, qui explique ce putsch.
Après s'être enfui du palais présidentiel, Amadou Toumani Trouré gagne le Sénégal voisin, d'où il annonce officiellement le 8 avril sa démission.
Le 15 janvier 2013, devant l'offensive toujours plus menaçante des Islamistes qui ont pris le contrôle du nord du pays et se rapprochent dangereusement de Bamako, François Hollande décide d'engager la France aux côtés des forces maliennes pour sécuriser la capitale : c'est l'opération Serval.