L'adoption du PACS en 1999 par la majorité socialiste fut un long combat dont les origines remontent au moins au début des années 1990, quand le contrat d'union civile (CUC) est imaginé en 1991, proposition qui rencontre l'enthousiasme de quelques hommes politiques, dont Jean-Pierre Michel, proche de Jean-Pierre Chevènement, mais aussi de membres des Verts et du planning familial. Jean-Pierre Michel porte cette proposition à l'Assemblée nationale en 1992 mais la loi n'est finalement pas votée.
En 1993, avec la Cohabitation, puis la victoire de Jacques Chirac à l'élection présidentielle, la nouvelle majorité de droite bloque l'avancée de la législation sur ce sujet.
Décision est donc prise par certains maires, dont Jean-Pierre Michel, qui s'en explique le 5 octobre 1995 sur le plateau du Soir 3 de Franche-Comté, de délivrer « des certificats de concubinage à tout le monde », y compris aux « couples homosexuels ».
La question de l'ouverture de l'union civile aux couples homosexuels est en effet revenue sur le devant de la scène après que l'association AIDES a apporté son soutien, en juin 1995, au projet du CUC. Jean-Pierre Michel peut ainsi reprendre espoir de voir adopter un jour un « contrat d'union civile ou contrat de vie sociale qui permette de légaliser la vie en couple pour toutes celles et tous ceux qui ne vivent pas dans le mariage, soit qu'ils ne le peuvent pas, soit qu'ils ne le veulent pas ».
Constatant que « la loi est souvent en avance sur les mentalités », comme l'a montré « l'exemple de l'avortement », Jean-Pierre Michel regrette cependant, sur la question de l'homosexualité, qu'un « certain nombre d'hommes et de femmes ne veuillent pas voir les choses en face. »
Son combat va aboutir, quelques années plus tard, par l'adoption difficile, après plus d'un an de procédure, de la loi sur le PACS, le 13 octobre 1999. Une loi dont il fut l'un des rapporteurs.